浙江省煙草公司衢州市公司成立于1986年1月，浙江省衢州市煙草專賣局成立于1986年6月。實行兩塊牌子、一套班子的工作體制，實行統一領導、垂直管理、專賣專營的管理體制，負責市本級的專賣管理、卷煙經營，承擔對下屬縣（市）局（分公司）的行業管理職責。2008年，積極推進取消縣級公司法人資格的體制改革工作，完成了全市煙草商業企業的工商變更登記注冊，正式形成了以市公司為法人的全市煙草行業一體化管理格局。

全市煙草系統現有職工540余人。內設 13個處室：辦公室、財務管理處、審計處、安全保衛處、信息中心、人事勞資處、紀檢監察處、思想政治工作處、企業管理處、專賣監督管理處、法規處、營銷中心（下設綜合部、市場部、訂單部、品牌部）、配送中心（下設綜合部、儲配部、送貨部）。下轄江山、龍游、常山、開化四個縣（市）局（分公司）。各縣（市）局（分公司）內設辦公室（兼監察科）、財務科、業務科、專賣科。